1、概念上：货运代理把委托者委托的货物，通过制定的运输途径，从一地运往另一地，货运代理是为运输公司(海、陆、空)代理收运货物、揽货，从而在完成货主与客商之间的贸易中起到重要的连接作用的公司。货运公司即实物分配，包括企业、销售商自身的运输、仓储、包装和搬运等活动的公司。
2、职责与功能：货运代理是在国际货运市场上，处于货主与承运人之间，接受货主委托，代办租船、订舱、配载、缮制有关证件、报关、报验、保险、集装箱运输、拆装箱、签发提单、结算运杂费，乃至交单议付和结汇，它主要负责运输上的事宜，仓储物流公司是受委托方要求把货物从委托地点运输到目的地的过程。负责运输、仓储、物流配送、理货集货等内容。
3、仓储上，货运代理是没有具体的仓库有些也是没有运输工具的，比如汽车、货船等。仓储物流公司是同时拥有自己的仓库和运输工具的。
4、选择上，如果是国际运输则选择货代公司，因为其主要是国际运输业务，而且可以处理报关、保险等业务，国内运输则选择物流公司，仓储物流公司可以处理集货、仓储、运输、理货的业务。
业务范围不同：
物流具体内容包括以下几个方面：用户服务、需求预测、订单处理、配送、存货控制、运输、仓库管理、工厂和仓库的布局与选址、搬运装卸、采购、包装、情报信息。
从国际货运代理人的基本性质看，货代主要是接受委托方的委托，就有关货物运输、转运、仓储、装卸等事宜。一方面它与货物托运人订立运输合同，同时他又与运输部门签订合同，对货物托运人来说，他又是货物的承运人。
服务不同：
通常中小货代公司不出门就能帮你搞定所有为问题，他更像是一个中介。但货代从接单后，这笔业务就要由他负责，因此所有问题都要尽可能考虑到，如果哪个环节出现了问题，他都要主动跟进处理。仓储物流的话，报关什么的出了问题，他们可不会操心，只会告知你，让你自己处理。
