跨境电子商务的库存管理主要是对库存的数量进行控制，这是因为过多的库存会占用资金，使跨境电子商务企业的资金流动性降低，不利于正常业务的进行。但是如果库存太小，又将会对产品生产的连续性产生威胁。因此，对于跨境电子商务的库存管理工作，卖家应该衡量占用成本与生产保证之间的关系，合理控制库存数量，并保持合理的库存水平。
作为物流管理的核心环节，最佳的库存管理状态必须能够保证生产需求，保证库存资金的最小。目前，跨境电子商务的库存控制主要有四种模式：
第一、传统的管理模式是各跨国界电子商务部门在物流过程中只为自己的库存制定管理策略，根据交易层次，订单驱动的是静态库存管理模式。
第二、供应商库存管理模式，即基于战略合作关系的跨国界电子商务形成的库存管理模式。供应商管理跨境所需的物资，需要一定的协商，以保证库存成本不高。近年来，许多跨国公司都采用了这种模式。
第三、联合库存管理是一种基于协调中心统一时间表的控制模式，它与传统的库存管理模式相对应，能够克服传统库存控制模式的缺陷，避免供应链中的风险，以及时应对市场变化。
第四、协同供应链库存管理，这种控制模式是建立在供应链集成的基础上，减少供应商库存，提高供应商销售水平，促进跨国界电子商务与供应商的深入合作，同时也消除了供应链过程中的制约因素。
一般来说，跨境电子商务有两个KPI指标用于库存管理：
1、SKU库存类型差异率;
2、SKU库存数量差异率。
第一项指标是确保及时发出销售订单，减少仓库中货物的供应，而不是交付货物;第二项指标是从保存公司财产的角度减少库存损失和流动性占用。然而，实施效果往往不理想，仍然会出现大量停滞、大量损坏、大量损失的情况。
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